Что бы убедиться, что проблема с доступом по картам связана с отсутствием связи с контроллером, нужно:

Открыть лог службы в нем найти похожие записи:

2014-06-17 19:04:49.6454 11 Ошибка при попытке поиска карты доступа! System.InvalidOperationException: Connection must be valid and open.
или
2014-06-17 00:00:33.0010 11 Ошибка при попытке поиска карты доступа! MySql.Data.MySqlClient.MySqlException (0x80004005): Timeout expired. The timeout period elapsed prior to completion of the operation or the server is not responding.